Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde yapılan yeni görev dağılımı doğrultusunda, teşkilatın en kritik operasyonel dairelerinin idaresi eski İstanbul Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan’a devredildi. Çalışkan; Terörle Mücadele, Kaçakçılık ve Organize Suçlar, Narkotik ile Özel Harekat başkanlıklarından sorumlu Emniyet Genel Müdür Yardımcısı oldu.
Mustafa Çalışkan, İstanbul Emniyet Müdürlüğü vazifesini yürüttüğü süreçte devrin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı iddia edilen gerilimlerle kamuoyu gündemine yansımıştı. Bu anlaşmazlıklar çerçevesinde, polis ekiplerinin Soylu’nun oğlunun bulunduğu aracı durdurarak aradığı ve akabinde Soylu’nun yaptığı telefon aramasını Çalışkan’ın yanıtsız bırakıp meşgule aldığı ileri sürülmüştü.
Taraflar arasındaki tartışmalara konu edilen bir diğer gelişme ise Sedat Peker’e sağlanan koruma tedbiri olmuştu. Peker, yayımladığı video kayıtlarından birinde Soylu’ya hitaben şu sözleri sarf etmişti:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Dönemin Bakanı Soylu ise Peker’e verilen koruma kararıyla ilgili Çalışkan’ın Terörle Mücadele Şubesi’ndeki idarecilik dönemini işaret etmiş, resmi görevlendirme evrakında Çalışkan’ın imzasının bulunduğu iddia edilmişti.
Hakkında açığa alınacağı yönünde haberler çıkan Çalışkan, söz konusu iddialara karşı şu değerlendirmede bulunmuştu:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim
